Wydział współpracuje z wieloma ośrodkami naukowymi w kraju i za granicą. Przejawem tego w zakresie dydaktyki jest wymiana studentów w ramach programu ERASMUS. Współpraca międzynarodowa polega na realizacji umów z wieloma uniwersytetami zagranicznymi oraz podejmowaniu międzynarodowych projektów badawczych.
Kontakty Wydziału z uczelniami zagranicznymi w zakresie dydaktyki rozwijane są m.in. dzięki różnym programom, wspieranym finansowo przez UE. Jednym z nich jest ERASMUS. Stwarzając większe możliwości kształcenia za granicą oraz wymiany studentów między uczelniami różnych krajów, stanowi istotny postęp w internacjonalizacji kształcenia uniwersyteckiego. Uczelnia podpisała wiele umów dotyczących wymiany studentów i nauczycieli akademickich w ramach programu ERASMUS. Wydział Medycyny Weterynaryjnej UWM w Olsztynie w ramach tego programu współpracuje obecnie z uniwersytetami w Giessen, Madrycie, Lugo, Gent, Helsinkach i Ayfon.
Wydział podpisał Porozumienia o Współpracy Dwustronnej z Akademią Medycyny Weterynaryjnej w St. Petersburgu, Uniwersytetem w Giessen, Wyższą Szkołą Weterynaryjną w Koszycach, a także Uniwersytetem Technicznym w Lizbonie. Z wieloma zagranicznymi ośrodkami naukowymi realizowana jest również aktywna współpraca naukowa w tzw. trybie bezumownym, m.in. z uniwersytetami w Antwerpii, Gent, Arhus, Utrechcie, Lipsku i Okayamie, Wyższą Szkołą Weterynaryjną w Hanowerze, Uniwersytetami Stanowymi w Iowa (Ames) i Montana (Bozeman) oraz Biomedycznym Centrum Badawczym w Baton Rouge (Luizjana). Efektem tej współpracy są wspólne badania naukowe i publikacje. Wielu pracowników Wydziału jest członkami międzynarodowych towarzystw naukowych.