Samodzielny Zakład Chorób Drobiu Wydziału Weterynaryjnego Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie powołano w 1972 r. Wcześniej, od 1970 r., Zakład funkcjonował w ramach Kliniki Chorób Zakaźnych. Kierownikiem Zakładu była prof. dr hab. Irena Janowska. Do 1986 r. Zakład należał do Instytutu Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych. W latach 1986–1991 organizacyjnie wchodził w skład Katedry Epizootiologii. Od stycznia 1992 r. istnieje jako samodzielna jednostka organizacyjna – Katedra Chorób Ptaków. W związku z poszerzeniem zakresu dydaktyki oraz działalności usługowej o nowe gatunki ptaków (m.in. gołębie i ptaki ozdobne), w 1988 r. Zakład Chorób Drobiu zmienił nazwę na Zakład Chorób Ptaków. W wyniku reorganizacji jednostek Wydziału Medycyny Weterynaryjnej w 2003 r. Zakład wszedł w skład Katedry Chorób Zakaźnych i Inwazyjnych jako Zespół Chorób Ptaków. Od stycznia 2009 funkcjonował jako samodzielna jednostka-Zakład Chorób Ptaków, który w dniu 30 października 2009 r. został przekształcony w Katedrę Chorób Ptaków.. Po przejściu prof. dr hab. Ireny Janowskiej na emeryturę kierownikiem Katedry od 1996 r. jest prof. dr hab. Andrzej Koncicki, prof. zw.