Katedra Fizjopatologii została powołana 01.09.1967 r., natomiast w 1986 r. zmieniono nazwę jednostki na Zakład Patofizjologii, który wchodził w struktury Instytutu Podstawowych Nauk Weterynaryjnych. Pierwszym kierownikiem był doc. dr hab. Remigiusz Fitko, który pełnił tę funkcję do 1991 r. W latach 1973-1990 Zakład Patofizjologii administrował i prowadził badania w Ośrodku Badań Bio-Toksykologicznych (OBT) Akademii Rolniczo-Technicznej w Gutkowie/ k. Olsztyna. Od momentu rozwiązania OBT Zakład Patofizjologii funkcjonuje jako samodzielna jednostka, a jej kierownikiem w 1991 r. został prof. dr hab. Karol Jakubowski. W czasie pełnienia funkcji kierownika profesor Jakubowski był promotorem mgr chemii Henryka Zielińskiego, który obronił rozprawę doktorską w 1996 r.
Główne obszary działalności naukowo-badawczej Zespołu Patofizjologii obejmują różne rodzaje stresu u zwierząt gospodarskich i laboratoryjnych, ich patomechanizmy, procesy adaptacyjne oraz możliwości zapobiegania ich skutkom u zwierząt. Ponadto pracownicy Zespołu zajmowali się badaniami zaburzeń rozrodu u bydła i zwierząt laboratoryjnych oraz oceną toksyczności preparatów chemicznych, dodatków do żywności oraz leków dla potrzeb przemysłu spożywczego i farmaceutycznego.
Wśród najważniejszych projektów naukowych zrealizowanych we współpracy z jednostkami krajowymi i zagranicznymi należy wymienić:
Pracownia Weterynarii Sądowej powstała 01. 01. 1988 r. jako struktura organizacyjna Zakładu Anatomii Patologicznej. W październiku tego samego roku został utworzony Zakład Weterynarii Sądowej. Jednostkę utworzono ze względu na specyfikę prowadzonej działalności dydaktycznej, naukowej i usługowej w zakresie weterynarii sądowej z prawną ochroną zwierząt oraz administracji i ekonomiki weterynaryjnej. W jej obrębie, od chwili utworzenia, funkcjonuje Laboratorium Patomorfologii Komórki oraz Pracownia Weterynarii Sądowej. W 2003 r. Zakład Weterynarii Sądowej i Administracji Weterynaryjnej został przemianowany na Zespół o tej samej nazwie i włączony do Katedry Weterynaryjnej Ochrony Zdrowia Publicznego. Trzy lata później na bazie istniejącego laboratorium utworzono Weterynaryjne Laboratorium Diagnostyczne „Weterynaria Sądowa, Patologia Komórki”. Od samego początku kierownikiem jednostki był prof. dr hab. Józef Szarek. Pod Jego promotorstwem w Zespole/Zakładzie obroniono osiem rozpraw doktorskich, w tym jedną wykonaną przez obcokrajowca, obywatela Pakistanu. Ponadto przeprowadzono część
doświadczalną będącą podstawą obrony rozprawy doktorskiej i habilitacyjnej lek. n. med. Ireneusza Kowalskiego na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie.
Główne zainteresowania naukowe obejmują patologię narządów wewnętrznych różnych gatunków zwierząt, ze szczególnym uwzględnieniem ptaków oraz ryb. Prowadzone badania dotyczą wpływu substancji toksycznych, tj. metali ciężkich i środków ochrony roślin na organizmy zwierząt. Ich celem jest m.in. poszukiwanie optymalnych markerów skażenia środowiska naturalnego wśród zwierząt wolnożyjących (ptaki, myszy) oraz hodowlanych (ryby). Ponadto Zespół/Zakład zajmuje się oceną skutków wybranych metod hodowli przemysłowej zwierząt na obraz patomorfologiczny narządów wewnętrznych. W tematyce naukowej znajdziemy również zagadnienia związane z gorączką Q (rezultaty tych badań zostały opisane w książce „Q fever in humans and animals”, Olsztyn 1995), zmianami nowotworowymi i nowotworopodobnymi u psów oraz wpływem elektrostymulacji powierzchownej na mięśnie szkieletowe.
Zespół/Zakład Weterynarii Sądowej nawiązał liczne kontakty krajowe i zagraniczne, których rezultatem była i jest współpraca naukowa. Wśród najważniejszych osiągnięć należy wymienić udział w grantach MNiSW z pracownikami Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie oraz Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Pracownicy Zespołu/Zakładu należą do licznych stowarzyszeń i towarzystw naukowych, takich jak Polskie Towarzystwo Patologów, Polskie Towarzystwo Nauk Weterynaryjnych, Polskie Towarzystwo Toksykologiczne, czy w końcu Europejskie Towarzystwo Patologów Weterynaryjnych (ESVP). Dzięki szerokim i bliskim kontaktom możliwe były zagraniczne szkolenia naukowe z zakresu anatomii patologicznej i histopatologii, m.in. we Włoszech, Finlandii, Hiszpanii i Litwie. W ramach programu Erasmus prof. Józef Szarek był zapraszany jako wykładowca przez przedstawicieli Wydziałów Medycyny Weterynaryjnej z Hiszpanii, Włoch i Litwy.
Pracownicy jednostki aktywnie udzielają się jako organizatorzy i współorganizatorzy różnego rodzaju zjazdów naukowych. Największym wyzwaniem, a zarazem sukcesem, były kongresy o charakterze szkoleniowym, tj. Europejskiego Towarzystwa Patologii Weterynaryjnej w 2004 r. (po raz pierwszy zorganizowanym na terenie Europy Centralnej i Wschodniej) - Olsztyn i w 2009 r. tego samego towarzystwa (Olsztyn - Kraków). Towarzyszyły im spotkania Europejskiego Towarzystwa Klinicznej Patologii Weterynaryjnej, Europejskiego Kolegium Patologów Weterynaryjnych, Międzynarodowego Towarzystwa Dermatopatologii, Sympozjum Davisa, Kontynuacyjnego Dnia Edukacji oraz Stowarzyszenia Lekarzy Weterynarii Małych Zwierząt „Od Diagnozy do Leczenia” W roku 2002 i 2003 odbyły się dwie konferencje o charakterze międzynarodowym „Człowiek wobec bezdomnych zwierząt, a ostatnie trzy lata to współorganizowanie konferencji „Dawna medycyna i weterynaria”. Pracownicy Zespołu/Zakładu również aktywnie uczestniczą corocznie w licznych spotkaniach naukowych w Polsce i zagranicą.